Der findes mange forskellige forklaringer på frimurerordenens oprindelse. Nogle kilder påstår, at den udviklede sig af middelalderens håndværkerlaug, mens andre mener, at den stammer fra de romerske Collegia, hvor der fandtes håndværkerlaug, som ofte ledsagede de romerske armeer for at udbrede den romerske civilisations velsignelser i erobrede lande. Andre mener, at Ordenen er udsprunget af tempelridderne eller fra Rosenkreuzerne. Og Rosenkreuzerne oplyser selv, at deres oprindelse går tilbage til det gamle Egypten. Rosenkreuzerne er et broderskab, som også er interesseret i at undersøge livets udviklingsmuligheder via fornuftig anvendelse af deres arv af esoterisk viden og de evner, de besidder som menneskelige skabninger.

Rosenkreuzernes traditioner − som er blevet mundtligt overleverede − fortæller om Ordenens tilblivelse som mysterieskole i det gamle Egypten i 18. dynasti under farao Amenhotep IV (der er bedre kendt som Akhenaton (billedet)) for ca. 3.350 år siden. Ordenens symbolik og ritualer forbinder den med hierofanterne (ypperstepræsterne) i Egypten og de store visdomscentre i Østen.

Traditionen beretter, at de første elever samledes i de hemmelige kamre i den store pyramide ved An (nutidens Giza), og at de som neofytter blev indviet i mysterierne i de imponerende templer. Ligeledes ifølge traditionen skal mestrene og hierofanterne have videregivet deres viden til dem, der byggede kong Salomons tempel. Rosenkreuzerne kom første gang til Amerika i 1694, og mange skrifter om oldtidens rosenkreuzere, sjældne bøger og dokumenter, opbevares i Ordenens arkiver i Amerika og Europa.

I nutiden kendes Ordenen under sit traditionelle og autentiske navn: Ancient Mystical Order Rosae Crucis, som man har forkortet til AMORC.

Ingen kan dokumentere frimureriets oprindelse, men at systemet alene skulle være opstået af middelalderens byggehåndværk forekommer helt usandsynligt. Det er jo ikke byggeteknisk indsigt, der er i fokus i ritualerne eller det, der gør frimureriet til noget særligt, men Ordenens symboler og ritualer. At afvise enhver forbindelse til Egyptens tilsvarende – ja til tider identiske symboler og ceremonier, minder mest af alt om bevidst fortrængning. Og målet for de gamle egyptere var det samme som i nutidens frimureri, nemlig at inspirere og stimulere til et liv på grundlag af etiske og moralske værdier for det enkelte menneske, for samfundet og ultimativt for hele menneskeheden.