Det var toppunktet i Henri Dunants karriere, men glæden var kort. At skrive A Memory of Solferino, at etablere komiteen og at skrive de artikler, der blev til ved den første Geneve konference, havde altsammen sin pris, for hans opmærksomhed var så optaget af det, at hans virksomhed i 1867 gik så dårligt, at han gik konkurs og måtte sælge det meste af sine besiddelser for at kunne betale sine kreditorer. Det var en katastrofal oplevelse, især fordi han var fra en kendt og velhavende Genève-familie, og fordi konkurs på den tid blev betragtet som en skandale. Det var så ydmygende, at han var tvunget til at forlade Genève for aldrig at vende tilbage.

Han var netop blevet 39 år. Han levede i relativ ubemærkethed i resten af sit liv, og bosatte sig til sidst i en lille by − Heiden − i Schweiz. Han var en temmelig sky person og havde et dårligt helbred og tog ikke del i væksten af de internationale komitéer, men bevarede interessen for den bevægelse, han havde grundlagt.

I 1895 blev hans opholdssted opdaget af en journalist, som skrev en artikel om ham. Straks strømmede tilbud om hjælp til ham som anerkendelse af hans store indsats. Henri Dunant satte pris på anerkendelserne, men han gjorde det klart, at han ikke havde behov for hjælp, og at han fik hjælp af naboer og af det nærliggende hospital. Det var det hospital, hvor han tilbragte de sidste 18 år af sit liv.

Der kom en sidste æresbevisning til Henri Dunant − måske den mest prestigefyldte af alle. I 1901 fik han tildelt Nobel Komitéens første fredspris, som han måtte dele med franskmanden Frederic Passy. På grund af sit skrøbelige helbred var Henri Dunant ikke i stand til at modtage prisen personligt, så den blev sendt til ham med dette budskab:

”Der findes intet menneske, der fortjener denne æresbevisning mere end De gør, fordi det var Dem, der for 40 år siden etablerede den internationale organisation til hjælp for sårede på slagmarken. Uden Dem og Røde Kors ville den fremragende humanistiske indsats i det 19. århundrede sandsynligvis aldrig være blevet indledt og udført.”