Omskæring medfører forskellige risici. Penis er kendetegnet ved stor følsomhed, og det er desuden et område med meget stor blodtilførsel. Derfor er det indlysende, at indgrebet medfører både smerter og voldsom blødning. Og efterfølgende er der risiko for infektioner. Der er også risiko for, at forhuden ikke heler ordentligt. Den resterende forhud kan vokse fast til glansen på penis, og komplikationen vil kræve et kirurgisk indgreb. Og det er vigtigt at pointere, at omskæring er et indgreb, som ikke er lægeligt nødvendigt. Derfor er der ofte berettiget debat om omskæring af små forsvarsløse drengebørn, og der fremsættes ofte krav om, at beslutningen skal tages af drengen selv, når han er blevet 18 år og personlig myndig. Men samtidig skal man huske, at omskæring af ældre drenge og mænd er et væsentligt mere kompliceret indgreb, og bedøvelse under fuld narkose er nødvendigt.