Da hun samtidig blev redaktør for en af Londons største aviser, blev hun i 1888 bedt om at anmelde et stort litterært værk skrevet af H.P. Blavatsky – The Secret Doctrine (Den Hemmelige Lære) − der netop var blevet udgivet. Hun læste sig igennem hele værket, og hun var som forvandlet. Hun havde fundet det, hun så længe havde søgt efter – en forklaring på livets og Universets største hemmeligheder. Hun opsøgte H.P. Blavatsky − eller HPB, som hun dengang blev kaldt − og udtrykte ønske om at blive medlem af The Theosophical Society (Det Teosofiske Samfund), og hun bad desuden om at blive discipel af H.P. Blavatsky. H.P. Blavatsky bad hende læse en rapport om påstået svindel og falsknerier, før hun besluttede sig. Annie læste rapporten og opdagede hurtigt, at den byggede på falske anklager.

Annie Besant havde efter lang tids søgen fundet, hvad hun havde ledt efter, og hun udtalte senere, at hun ønskede en gravskrift med ordlyden: ”Hun forsøgte at finde sandheden”.

Annie Besant og C.W. Leadbeater.

Hun rejste nu med H.P. Blavatsky til Indien − til stor sorg for alle hendes venner og kampfæller. Her begyndte nu et helt nyt liv i kampen for teosofien og udbredelsen af den teosofiske lære over hele Jorden. Her fik hun et nært samarbejde med bl.a. C.W. Leadbeater − en anglikansk præst, der også forlod sit embede for at rejse til Indien for at arbejde for teosofien.

Arbejdet krævede, at Annie Besant først rejste rundt i Indien og senere i hele verden. Hun skrev utallige bøger, der fortolkede teosofien i vesterlandsk terminologi, holdt tusindvis af foredrag, og sammen med sine medarbejdere fik hun teosofien til at blomstre på verdensplan.

Sammen med C.W. Leadbeater foretog hun nogle sensationelle forskningsforsøg, der bl.a. indebar, at de brugte deres højt udviklede clairvoyante evner til at udforske grundstoffernes opbygning. Dette forskningsprojekt blev beskrevet i afhandlingen Occult Chemistry (Okkult kemi). Det var første gang, grundstoffernes atomare opbygning blev beskrevet i detaljer. Senere − i slutningen af forrige århundrede – bekræftede kernefysikere de to pionerers forskningsresultater − især forskningen omkring de sub-atomare partikler Quarker, som på daværende tidspunkt var ukendte for naturvidenskaben.